2008年4月，科技部、财政部和国家税务总局联合发布《高新技术企业认定管理办法》，2008年7月，科技部、财政部、国家税务总局联合发布了《高新技术企业认定管理工作指引》（国科发火〔2008〕362号），至此，作为《中华人民共和国企业所得税法》配套文件的《高新技术认定管理办法》（以下简称认定办法）、《国家重点支持的高新技术领域》、《高新企业认定管理工作指引》（以下简称工作指引）已全部出台，高新技术企业认定工作正式启动。
　　《工作指引》规定，2007年底前国家高新技术产业开发区（包括北京市新技术产业开发试验区）内、外已按原认定办法认定的仍在有效期内的高新技术企业资格依然有效，但在按《认定办法》和《工作指引》重新认定合格后方可依照《中华人民共和国企业所得税法》及其实施条例等有关规定享受企业所得税优惠政策。企业亦可在资格到期后申请重新认定，但在重新认定期间只能执行25%税率。
　　根据《国务院关于实施企业所得税过渡优惠政策的通知》（国发〔2007〕39号)规定，2008年1月1日起，2007年3月16日以前经工商等登记管理机关登记设立的企业，原享受企业所得税“两免三减半”、“五免五减半”等定期减免税优惠的企业，可以享受过渡优惠政策，即继续按原税收法律、行政法规及相关文件规定的优惠办法及年限享受至期满为止，但因未获利而尚未享受税收优惠的，其优惠期限从2008年度起计算。
　　例如，2006年设立在北京新技术产业开发试验区的某企业，如果其在2007年底前已经取得高新技术企业资格，并且该资格在过渡期内始终有效。企业在过渡期内是否需要重新认定方可继续享受过渡优惠，目前有两种观点：
　　一种观点认为，该企业的高新资格在过渡期内有效，国发〔2007〕39号文件规定，该企业可享受税收优惠至过渡期满，不需要重新认定。如果企业在原新技术企业资格期满之后未能重新获得高新资格认定，那么即使在过渡期内，该企业也应适用25％的企业所得税税率。
　　另一种观点认为，即使企业在过渡期内仍处于39号文件所说的减免税期及同时也在原有高新企业资格有效期内，也应及时办理重新认定后方能继续享受39号文件中所说的减免税优惠政策。
　　笔者更倾向于第二观点。企业过渡期内的各项指标符合《认定办法》规定的标准是企业继续享受过渡期优惠政策的前提，《工作指引》的前言中也强调，“2007年底前国家高新技术产业开发区内、外已按原认定办法认定的仍在有效期内的高新技术企业资格依然有效，但在按《认定办法》和《工作指引》重新认定合格后方可依照《中华人民共和国企业所得税法》及其实施条例等有关规定享受企业所得税优惠政策。”企业如何正确理解和操作，还需等待总局相关文件明确。
　　另外，国发〔2007〕40号规定，2008年1月1日（含）之后完成登记注册在深圳、珠海、汕头、厦门和海南经济特区上海浦东新区内在的国家需要重点扶持的高新技术企业，在经济特区和上海浦东新区内取得的所得，自取得第一笔生产经营收入所属纳税年度起，可享受“两免三减半”（25%的减半）的优惠税率的优惠政策。
　　目前的问题是，由于〈办法〉规定高新技术企业为在中国境内（不包括港、澳、台地区）注册1年以上的居民企业，因此，如果企业在2008年取得第一笔收入，由于其成立未满1年，2008年无法认定为高新企业，若2009年被认定为高新企业，但企业也只能在2009年享受最后一年的免税政策。
　　根据国家知识产权局在2006年统计数据显示，我国99％的企业没有申请知识产权，申请了知识产权的企业只有0.17％有发明专利。因此，中国目前很多企业并不拥有核心自主知识产权。办法规定，企业与他人签订5年以上的在全球范围内独占该项许可权利的方式取得知识产权的独占许可，可以达到认定需要的条件。值得注意的是，由于代表企业核心竞争力的核心技术和发明专利几乎被国外企业垄断，申请者要取得全球范围内的独占许可权当前具有一定的困难，一些此前打擦边球的企业将失去高新技术企业的资格。
　　需要注意的是，企业拥有自主知识产权，是以取得版权或者著作权证书为准。而且“近3年”是指申报当年以前的连续3年（不含申报当年）用于的知识产权，即2008年申请的企业知识产权必须是2007年，2006年，2005年取得的，2008年取得的证书不计算在内，而只能等到2009年申请时计入。
　　《认定办法》和《工作指引》对符合条件的研究开发费用范围进行了界定与列举。企业应按照财企〔2007〕194号《关于企业加强研发费用财务管理的若干意见》规定进行研发费用的归集，同时按照办法及指引中所确定的研发费用的硬性指标，做好研发费用的预算和规划。具体应重点关注下面四个指标：
　　1．近三个会计年度的研究开发费用总额占销售收入总额的比例符合如下要求：
　　A.最近一年销售收入小于5000万元的企业，比例不低于6%；
　　B.最近一年销售收入在5000万元~20000万元的企业，比例不低于4%；
　　C.最近一年销售收入在20000万元以上的企业，比例不低于3%。
　　2．企业在中国境内发生的研究开发费用总额占全部研究开发费用总额的比例不低于60%。
　　3．只认定企业委托外部研究开发费用的80％。委托外部研发费用包括委托境内机构和境外机构的发生的费用。企业应注意，只认定其发生额的80%，同时此项目成果必须为企业所拥有，且与企业的主要经营业务紧密相关（可以通过委托方与受托方签订的协议以及企业高新技术产品或技术服务来判定）。
　　4．企业在研发活动中发生的其他费用，如办公费、差旅费、通信费、专利申请维护费、高新科技研发保险费等，实际上也就是研发过程中发生的间接费用。一般不得超过研究开发总费用的10％。
　　根据上述规定，企业有必要建立一个完善的会计核算体系或者改进现有的会计核算系统，以便能够准确记录并按项目、类型对研发费用进行归集，以符合办法和《工作指引》的要求。另外，今后研发费的归集最好单独设立科目，便于将来审计。